基于网络药理学和分子对接研究丹芎活血片治疗骨性关节炎的机制
郭晋言1 梁铭林1 黄煜智1 曾豪杰1 陈倩文1 杨 春1▲ 杜以宽2
1.广东医科大学干细胞与再生组织工程重点实验室,广东东莞 523808;2.广东省东莞市人民医院中心实验室,广东东莞 523059
[摘要] 目的 基于网络药理学探讨丹芎活血片治疗骨性关节炎的机制。方法 采用数据库及文献筛选丹芎活血片的化合物和靶点、骨性关节炎的基因,映射共同靶点。以Cytoscape 3.7.2 构建蛋白质-蛋白质交互(PPI)网络,在DAVID V6.8 数据库中进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书途径富集(KEGG)分析,构建 “成分-靶点-通路” 网络,对关键成分进行分子对接。结果 获得成分50 个和疾病基因774 个,GO 功能331 个和KEGG 通路61 条。分子对接结果显示,有效成分为阿魏酸、芥子酸、山柰酚、姜黄素等,关键靶点为STAT3、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)和JUN 等,KEGG 涉及癌症、乙型肝炎、核因子κB(NF-κB)、PI3K-Akt 和JAK-STAT 等信号通路。结论 丹芎活血片可能通过VEGFA、JUN 的表达和PI3K/Akt 信号通路治疗骨性关节炎。
[关键词]丹芎活血片;网络药理学;骨性关节炎;分子机制
骨性关节炎(osteoarthritis,OA)是由于关节先天性异常、关节畸形等因素引起关节软骨退化损伤[1],主要通过口服药物与手术缓解症状[2],但治疗的相关不良反应多[3]。既往研究[4]证实,中药在治疗OA、改善生存质量、明显延长无病生存期等方面发挥积极作用。骨关节炎属中医学 “痹证” 或 “瘘证” 范畴[5],正气不足是其发病内因,湿、热、寒、风是其发病外因[6],治疗以补肝肾、盈气血为主。
丹芎活血片是蔡立民教授根据多年临床辨证经验提出的成方,其采用活血化瘀、固正扶阳的方法,正切中病机,研究显示其抗凝效果确切,能通过促进局部的血液循环改善关节功能,显著提高患者生存质量,但具体作用机制仍需进一步研究[7],而采用单一的机制研究不能体现丹芎活血片治疗OA 的整体性与多向性。网络药理学将药物作用靶点和疾病靶点结合,建立疾病、靶点、药物及通路之间的相互作用网络,从而全面系统地分析药物的作用机制[8]。因此本研究对丹芎活血片进行网络药理学研究,旨在为后续基础与临床研究提供分子机制基础。
1 材料与方法
1.1 筛选丹芎活血片的成分与靶标
检索TCMID 数据库(http://tcmspw.com/tcmsp.php)和SymMap 数据库(https://www.symmap.org/),收集既往文献中当归[9]6 个成分、丹参[10]6 个成分、川芎[11]6 个成分、苏木[12]4 个成分、土鳖虫[13]5 个成分、血竭[14]6个成分、泽兰[15]5 个成分、路路通[16]5 个成分、粉防己[17]1 个成分、桑枝[18]6 个成分。以口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%,类药性(drug-likeness,DL)≥0.18 为条件,得到成分并查询对应的靶点。
1.2 筛选OA 的靶点
在Gene Cards(https://www.genecards.org/)、OMIM(https://omim.org/)、DisGeNET(https://www.disgenet.org/)等数据库检索 “Osteoarthritis”,获得疾病靶点。
1.3 “中药-成分-靶点” 网络的构建
用Venny 对药物与疾病靶点取交集获得共同靶点,并在Cytoscape 3.7.2 构建 “中药-成分-靶点” 网络。采用Cytoscape 分析网络。
1.4 蛋白质-蛋白质交互网络的构建
在STRING(https://string-db.org/)构建蛋白质-蛋白质交互(protein-protein interaction,PPI)网络,获得核心网络模块。
1.5 基因本体与京都基因与基因组百科全书途径富集分析
借助DAVID 数据库(https://DAVID.ncifcrf.gov/)进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书途径富集(Kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway enrichment,KEGG)分析,用于预测药物治疗OA 的生物过程。
1.6 “成分-靶点-通路” 网络的构建
将成分、靶点和信号通路导入微生信网站(http://www.bioinformatics.com.cn)构建网络图,筛选排名前5位的成分进行分子对接验证。
1.7 有效成分-靶点分子对接
利用LEDOCK 分子对接软件,将有效成分与核心靶点进行分子对接验证。
2 结果
2.1 活性成分获取
筛选得到丹芎活血片的活性化合物50 个(表1),对应的靶点1128 个。
表1 丹芎活血片的成分信息表
2.2 疾病靶点
筛选得到丹芎活血片的疾病靶点774 个。用Venny 取药病靶点交集,得到50 个共同靶点,见图1。
图1 药物与OA 靶点交集的韦恩图
2.3 “药物-化合物-靶点” 网络图
该网络图度值排名前5 的有效成分为槲皮素,山柰酚,姜黄素,阿魏酸,藁本内酯(图2),这可能是治疗OA 的活性成分。
图2 “药物-化合物-靶点” 网络
2.4 PPI 结果
在阈值≥0.7 中,Cytoscape 3.7.2 筛选出STAT3、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、JUN 有密切联系;在0.9 的高度阈值中,筛选显示STAT3、VEGFA、IL-6、TNF、JUN、MMP9 是核心成分(图3),以此作为分子对接的靶点。
图3 PPI 网络图
2.5 GO 和KEGG
本研究中,GO 结果显示,分子功能富集于聚合酶Ⅱ启动子转录阳性、细胞质、蛋白质结合等(P<0.05)(图4,封四)。KEGG 结果显示,在癌症、乙型肝炎、核因 子κB (nuclear factor κB,NF -κB)、PI3K -Akt 和JAK-STAT 信号通路中富集(图5)。
图4 GO分析图(见内文第5页)
图5 KEGG 分析图
2.6 “成分-靶点-通路” 网络图
将成分、靶点、前10 条通路使用Cytoscape 3.7.2构建 “成分-靶点-通路” 网络图。前5 个成分为阿魏酸、芥子酸、异阿魏酸、姜黄素、山柰酚(图6),以此作为分子对接的成分。
图6 “成分-靶点-通路” 网络图
2.7 分子对接
以6 个核心靶点与5 个有效成分进行分子对接(图7),结果显示,STAT3、VEGFA、IL-6、TNF、JUN、MMP9 的结合能均小于-5 kJ/mol,说明有较好的结合活性。
图7 药物和靶点的分子对接过程图
3 讨论
本研究通过网络分析,得到的槲皮素、山柰酚、姜黄素、阿魏酸已有文献证明对OA 有疗效,并通过PPI获得STAT3、MMP、IL-6、TNF、JUN。其中IL-6 严重破坏关节软骨组织平衡,而TNF-α 可以阻断软骨胶原的合成,导致软骨基质降解和破坏[19]。槲皮素可降低IL-6、IL-1β 和TNF-α 的分泌水平,并在蛋白水平下
调Nlrp3、caspase-1、proIL-1β 和IL-1β 的表达[20],表现其抗氧化性和抗炎活性,从而治疗OA[21]。山柰酚可抑制bFGF-FGFR3-RSK2 信号抑制类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞的增殖和迁移,抑制活性T 细胞介质的炎症细胞因子(如IL-17、IL-21 和TNF-α)的释放[22],而Tanideh 等[23]在利用山柰酚治疗前交叉韧带横切术(anterior cruciate ligament transection,ACLT)诱导的大鼠的实验中,发现大鼠体内的MMP-13、MMP-3、TNF-α、IL-1 明显降低。姜黄素同样可以充当抗炎药,抑制软骨细胞中NF-κB 介导的IL-1β/TNF-α 分解代谢信号通路[24],由此可见,丹芎活血片中的活性成分能从多方面抑制关节病变的过程,从而发挥治疗OA 的作用。
KEGG 结果显示,调节PI3K/AKT 信号通路可以治疗OA。OA 患者中miR-146a-5P 表达增加,促进软骨细胞凋亡和炎症反应[25]。在OA 大鼠模型中,山柰酚抑制了miR-146a 和Decorin 在软骨组织中的表达,从而激活PI3K/Akt/mTOR 信号通路,与KEGG 的结果一致[26]。NF-κB 信号通路也与治疗OA 相关,槲皮素通过抑制TNF-α 和NF-κB 之间的正反馈调节,从而起到治疗OA 的作用[27]。为了客观展示药物治疗OA的分子机制,本研究结合了药物与疾病的映射靶点和信号通路的结果,绘制了科学假说图(图8,封四),为全面深入地了解作用机制奠定了基础。
图8 丹芎活血片治疗OA 的分子机制科学假说图(见内文第8 页)
本研究借助网络药理学技术,预测槲皮素、山柰酚、姜黄素、阿魏酸通过靶向PI3K/Akt、NF-κB 信号通路中的TNF、NF-κB、AKT 等分子起作用,从分子水平方向揭示了丹芎活血片治疗OA 的潜在作用机制,为后期药物研发及疾病治疗提供一定理论依据。
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Research on the mechanism of Danxiong Huoxue Tablets in the treatment of osteoarthritis based on network pharmacology and molecular docking
GUO Jinyan1 LIANG Minglin1 HUANG Yuzhi1 ZENG Haojie1 CHEN Qianwen1 YANG Chun1▲ DU Yikuan2
1.Key Laboratory of Stem Cell and Regenerative Tissue Engineering, Guangdong Medical University, Guangdong Province, Dongguan 523808, China; 2.Central Laboratory, Dongguan People′s Hospital, Guangdong Province, Dongguan 523059, China
[Abstract] Objective To explore the mechanism of Danxiong Huoxue Tablets in the treatment of osteoarthritis based on network pharmacology.Methods The compound and target of Danxiong Huoxue Tablets and the gene of osteoarthritis were screened by database and literature, and the common target was mapped.The protein-protein interaction (PPI)network was constructed using Cytoscape 3.7.2, gene ontology (GO) and Kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway enrichment (KEGG) were analyzed in DAVID V6.8 database, and the "component-target-pathway" network was constructed for molecular docking of key components.Results Obtained 50 components and 774 disease genes,331 GO functions and 61 KEGG pathways.Molecular docking results showed that the active ingredients were ferulic acid, sinapic acid, kaempferol, curcumin, etc.And the key targets were STAT3, vascular endothelial growth factor A(VEGFA), interleukin-6 (IL-6), tumor necrosis factor (TNF) and JUN, etc.KEGG was involved cancer, hepatitis B,NF-κB, PI3K-Akt and JAK-STAT signaling pathways.Conclusion Danxiong Huoxue Tablets may treat osteoarthritis through the expression of VEGFA, JUN and PI3K/Akt signaling pathway.
[Key words] Danxiong Huoxue Tablets; Network pharmacology; Osteoarthritis; Molecular mechanism
[中图分类号] R285
[文献标识码] A
[文章编号] 1674-4721(2021)12(c)-0004-06
[基金项目]广东省医学科研基金项目(B2021330);广东省科技创新战略专项资金(“攀登计划” 专项资金)(pdjh2020a0255、pdjh2021b0224);省级和国家级大学生创新创业训练计划项目(202010571003、S202010571041)。
通讯作者:杨春(1982-),女,博士,副教授,主要从事干细胞抗衰老相关研究。
(收稿日期:2021-06-03)